ניתן להשתמש במודלים ההומולוגיים כדי לזהות הבדלים עדינים בין חלבונים קשורים שלא כולם נפתרו מבחינה מבנית . לדוגמה, השיטה שימשה לזיהוי אתרי קישור לקטיונים ב-Na+/K+ ATPase ולהציע השערות לגבי זיקת הקישור של ATPases שונים.
למה משמשים מודלים של הומולוגיה?
מודלים ההומולוגיים היא אחת משיטות חיזוי המבנה החישובי המשמשות כדי לקבוע מבנה תלת-ממדי של חלבון מרצף חומצות האמינו שלו. זה נחשב למדויק ביותר מבין שיטות חיזוי המבנה החישובי. הוא מורכב ממספר שלבים שהם פשוטים וקלים ליישום.
מהו מודלים הומולוגיים ולמה זה נחוץ?
מודלים ההומולוגיים משיגים המבנה התלת מימדי של חלבון מטרה המבוסס על הדמיון בין רצפי התבנית והיעד וטכניקה זו מתגלה כיעילה כשמדובר בחקר חלבוני ממברנה קשה להתגבש כמו GPCR מכיוון שהוא מספק רמה גבוהה יותר של הבנה של …
איך עושים מודל הומולוגיה?
יש כמה שלבים המעורבים במודל ההומולוגיה
- בחירת תבנית באמצעות רצף היעד שלך. למטרה זו ניתן לבצע חיפוש BLASTp כנגד כל מבני החלבון הזמינים (PDBs). …
- יישור התבנית ורצף היעד. …
- איכות הדגם שלך. …
- עידוןשל הדגם שלך בהתאם.
מה עושה דוגמנות הומולוגיה טוב?
אם נגדיר "מודל הומולוגיה מוצלח ביותר" ככזה שיש לו <=2 Å rmsd מהמבנה האמפירי, אז לתבנית חייבת להיות >=60% זהות רצף עם היעד להצלחה תעריף >70%. אפילו בזהויות ברצף גבוה (60%-95%), לאחד מכל עשרה מודלים הומולוגיה יש rmsd >5 Å לעומת
