ג'לים Agarose משמשים עם DNA, בשל הגודל הגדול יותר של הביו-מולקולות (שברי DNA הם לרוב אלפי kDa). עבור ג'לים חלבונים, פוליאקרילאמיד נותן רזולוציה טובה, מכיוון שהגודל הקטן בהרבה (50 kDa אופייני) מתאים יותר למרווחים הבין-מולקולריים הדוקים יותר של הג'ל.
מה ההבדל בין אלקטרופורזה של ג'ל אגרוז לבין אלקטרופורזה של ג'ל פוליאקרילאמיד?
ההבדל העיקרי בין agarose ו-polyacrylamide הוא ש-agarose משמש באלקטרופורזה של ג'ל agarose (AGE) בעיקר להפרדה של DNA, בעוד שפולי-acrylamide משמש בג'ל polyacrylamide אלקטרופורזה (PAGE) בעיקר להפרדה של חלבונים.
למה ג'ל פוליאקרילאמיד טובים יותר מג'ל אגרוז?
לג'לים לפוליאקרילאמיד יש את שלושת היתרונות העיקריים הבאים על פני ג'לי אגרוז: (1) כוח הרזולוציה שלהם כה גדול שהם יכולים להפריד מולקולות של DNA שאורכן שונה ב-0.1% בלבד (כלומר, 1 bp ב-1000 bp). (2) הם יכולים להכיל כמויות גדולות בהרבה של DNA מאשר ג'ל אגרוז.
מדוע משתמשים בפוליאקרילאמיד במקום אגרוז בעת אפיון חלבונים?
פוליאקרילאמיד ואגרוז הן שתי מטריצות תמיכה הנפוצות בשימוש באלקטרופורזה. … לאגרוז יש גודל נקבוביות גדול והוא מתאים להפרדת חומצות גרעין ומתחמי חלבון גדולים. לפוליאקרילאמיד גודל נקבוביות קטן יותר והוא אידיאלי עבורהמפריד בין רוב החלבונים לבין חומצות גרעין קטנות יותר.
למה משתמשים בג'ל פוליאקרילאמיד?
Polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) משמשת באופן שגרתי לניתוח חלבון, וניתן להשתמש בה גם להפרדת שברי חומצת גרעין הקטנים מ-100 bp. חומצות גרעין מנותחות בדרך כלל באמצעות מערכת חיץ רציפה שבה יש הרכב חיץ קבוע, pH וגודל הנקבוביות לאורך הג'ל.
