מכיוון של-DdNTPs יש מולקולת מימן (-H) במקום קבוצת הידרוקסיל (-OH) המחוברת ל-3'-C של הדאוקסיריבוז שלו, היא לא יכולה להיקשר לנוקלאוטידים הנכנסים. לכן, הוספת DdNTPs במהלך שכפול DNA ניתן להשתמש כדי לסיים את תגובת הסינתזה.
מדוע סינתזת ה-DNA נפסקת כאשר ddNTP משולב בגדיל ה-DNA הגדל?
אם הנוקלאוטיד שנוסף הוא "דידאוקסינוקלאוטיד" (איור 6.29), קצה 3' של הגדיל יקבל כעת H, במקום OH. זה ימנע הוספת נוקלאוטידים נוספים; כלומר, סינתזת DNA במבחנה תיעצר בשלב זה.
איך ddNTP מסיים סינתזת DNA?
כאשר ddNTP משולב בשרשרת של נוקלאוטידים, הסינתזה מסתיימת. הסיבה לכך היא שמולקולת ddNTP חסרה קבוצת הידרוקסיל 3', שנדרשת ליצירת קישור עם הנוקלאוטיד הבא בשרשרת.
מדוע DdNTP מפסיקים את תהליך השכפול?
שיטות מעבדה באנזימולוגיה: DNA
Dideoxynucleotide טריפוספטים משולבים בקלות בשרשרת DNA הולכת וגדלה, אך חסרה קבוצת ההידרוקסיל 3′ הדרושה כדי לאפשר לשרשרת להמשיך, וביעילות להפסיק פילמור.
מדוע Dideoxynucleotides גורמים להפסקת שכפול ה-DNA?
ל-ddNTPs אלה חסרים קבוצת 3′-OH הדרושה ליצירת קשר פוספודיסטר בין שנייםנוקלאוטידים, הגורמים להפסקת הארכת גדיל ה-DNA כאשר מוסיפים ddNTP.
