לקשרי פפטידים יש תצורה מישורית, טרנס, והם עוברים סיבוב קטן מאוד או פיתול סביב הקשר האמיד שמקשר את חנקן ה-α-אמינו של חומצת אמינו אחת לפחמן הקרבוניל של הבא (איור 4-1).
למה אסור לעשות סיבוב בקשר הפפטיד?
למה אסור רוטציה לגבי הקשר הפפטיד, ומהן ההשלכות של היעדר סיבוב? לקשר הפפטיד יש אופי קשר כפול חלקי, המונע סיבוב. חוסר סיבוב זה מגביל את הקונפורמציות של עמוד השדרה הפפטיד ומגביל מבנים אפשריים.
האם קשרי פפטיד יכולים להתכופף?
מכיוון שעמוד השדרה של הפוליפפטיד, המוחזק יחד בקשרי פפטיד, הוא גמיש (בגלל ה"סיבוב סביב כל הקשרים האלה"), השרשרת יכולה להתכופף, להתפתל, ולהתגמש למגוון גדול מאוד של צורות תלת מימדיות.
האם קשרי פפטידים הפיכים?
למרות שניתן להפוך קשר פפטיד על ידי הוספת מים (הידרוליזה), קשרי האמיד יציבים מאוד במים ב-pH ניטרלי, והידרוליזה של קשרי פפטיד בתאים נשלט גם אנזימטית.
האם לקשרים פפטידים יש כיווניות?
למרות שהגיאומטריה של קבוצת הפפטידים קבועה, הקשרים משני הצדדים של פחמי האלפא יכולים להסתובב. זה מאפשר גמישות בעמוד השדרה של הפפטיד. … לרצף חומצות האמינו בחלבון יש כיווניות אוכיוון המוגדר על ידי הקבוצות הפונקציונליות בקצוות השרשרת.
