לכידת קונפורמציה של כרומוזום (3C) מבוססות שיטות חושפים את ארגון הכרומוזומים בתוך הגרעין על ידי קביעת הקרבה הפיזית של זוגות נקודות לאורך הכרומטין. הם משמרים אינטראקציות כרומטין על ידי קישור צולב ואחריו פיצול, קשירה ורצף של אזורים המקיימים אינטראקציה.
איך עובד לכידת קונפורמציה של כרומוזומים?
לכידת קונפורמציה של כרומוזום-על-שבב (4C) לוכדת אינטראקציות בין לוקוס אחד לכל שאר הלוקוסים הגנומיים. זה כולל שלב קשירה שני, ליצירת שברי DNA במעגל עצמי, המשמשים לביצוע PCR הפוך. … במיקרו-מערך בודד, ניתן לנתח כמיליון אינטראקציות.
מהו לכידת קונפורמציה של כרומטין?
Chromatin Conformation Capture (3C) היא טכניקה חשובה המשמשת ללימוד מבנה הכרומטין, כמו גם הבסיס למספר טכניקות נגזרות אחרות. … הפרוטוקול כולל קישור צולב של פורמלדהיד של תאים ואחריו בידוד כרומטין ועיכול עם אנזים הגבלה.
איך פועל רצף Hi-C?
גישת Hi-C מרחיבה את 3C-Seq למיפוי מגעים של כרומטין לכל רחבי הגנום, והיא יושמה גם לחקר אינטראקציות כרומטין באתרו. בשיטה זו, מתחמי DNA-חלבון מקושרים עם פורמלדהיד. הדגימה מקוטעת, וה-DNA מופק, מקושר ומתעכל עם אנזימי הגבלה.
מהי טכניקת Hi-C?
טכניקת Hi-C הקלאסית כוללת עיכול מוגבל של גנום צולב פורמלדהיד עם אנזימים להגבלה ספציפית לרצף, ולאחר מכן מילוי ותיקון של קצוות מעוכלים עם שילוב של נוקלאוטידים הקשורים לביוטין. הקצוות המתוקנים נקשרים מחדש.
